如同系列的其他作品，《超级机器人大战T》中也存在大量隐藏关卡和隐藏机体，本攻略会助各位玩家在流程中解开这些隐藏要素。
隐藏关卡
游戏内存在一定数量的隐藏关卡，隐藏关卡不影响主线剧情，但会提供资金和机体提前加入等强化效果。以下列出了各个隐藏关卡的开启条件和过关奖励。
隐藏关01：以正义和勇气为友
开启条件：
1.第11话，我王凯牙击坠3架以上敌机
2.第11话过关时，Dann的击坠数>20
过关奖励：
艾尔多拉魂和黑暗勇者会加入，否则艾尔多拉魂会在24话加入，黑暗勇者不会加入
隐藏关02：私人任务
开启条件：
第26话前，黑百合与抚子B的击坠数合计不小于80,且我方ACE>2,或者GRADE等级不小于3
过关奖励：
后援人员“观察员”提前加入，黑百合与2架艾斯特巴利斯强化。大量资金和强化零件
隐藏关03：V交汇
开启条件：
第34话过关时，我方ACE>5,GRADE等级不小于4
过关奖励：机战V独有的强化零件
隐藏关04：来访者X
开启条件：
第42话过关时，我方ACE>10,GRADE等级不小于5
过关奖励：机战X独有的强化零件
隐藏关05：流浪的哈曼
开启条件：
第45话过关时，满足夏亚小队和哈曼小队的加入条件
过关奖励：哈曼+丘贝雷，玛修玛+萨克III改，裘尼+亚克托-德卡
隐藏机体
1.夏亚小队：夏亚+夜莺，葵丝+α-阿基尔+亚克托-德卡，裘尼+亚克托-德卡
获得步骤：
第41话，阿姆罗与葵丝交战一次，卡缪与裘尼交战一次，阿姆罗或者普鲁击坠葵丝。阿姆罗或卡缪击坠裘尼。
A.第42话选择夏亚路线时：
第43话：3回合过关，且过关时夏亚，裘尼和葵丝的合计击坠数>4第44话：夏亚，裘尼和葵丝的合计击坠数>4第45话：阿姆罗或卡缪击坠夏亚，阿姆罗击坠葵丝，阿姆罗或卡缪击坠裘尼，剧情时裘尼存活
B.第42话选择哈曼路线时：
第43话：阿姆罗或卡缪击坠裘尼，阿姆罗击坠葵丝第44话：阿姆罗或卡缪或哈曼击坠夏亚，阿姆罗或卡缪击坠裘尼，剧情时裘尼存活第45话：阿姆罗与葵丝交战一次并击坠
C.第42话选择独自路线时：
第43话：阿姆罗或卡缪击坠裘尼，阿姆罗击坠葵丝第45话：阿姆罗与葵丝交战一次并击坠，阿姆罗或卡缪击坠夏亚
达成以上条件后，无论是否开启隐藏关05，夏亚都会在第47话加入；葵丝会在第45话结束时加入；裘尼会在隐藏关05结束时加入。
2.哈曼小队：哈曼+丘贝雷，玛修玛+萨克III改
获得步骤：
在第11话结束时选择宇宙路线在第13话中，捷多和玛修玛交战一次并过关第22话中，捷多或花击坠玛修玛，卡缪，捷多，托比亚和哈曼交战一次，任意我方机体击坠哈曼第36话中，玛修玛与普鲁兹及拉坎都交战一次第41话中，花和玛修玛交战一次，花或捷多击坠玛修玛
A.第42话选择夏亚路线时：
第43话：花击坠玛修玛，捷多击坠哈曼第44话：捷多或夏亚击坠哈曼第45话：剧情时裘尼存活
B.第42话选择哈曼路线时：
第43话：任意我方机体击坠哈曼，花和玛修玛交战一次并击坠第44话：哈曼击坠夏亚，剧情时裘尼存活第45话：捷多击坠哈曼，哈曼变为我方后击坠2架以上敌机，过关时玛修玛存活
C.第42话选择独自路线时：
第43话：花和玛修玛交战一次，花或捷多击坠玛修玛第44话：捷多击坠哈曼
达成以上条件后，哈曼会在隐藏关05结束时加入，玛修玛会在隐藏关05结束时加入。
3.普鲁+丘贝雷MKII，普鲁兹+丘贝雷MKII+昆曼沙
获取步骤：
第10话，卡缪，捷多，托比亚与普鲁兹交战，捷多击坠普露兹第15话，捷多与普鲁兹交战一次并击坠第35话，捷多或普鲁击坠普鲁兹并过关第36话，捷多或露或普鲁击坠普鲁兹第41话，普鲁与葵丝交战第42话后选择任意一条路线：第45话，捷多，普鲁与普鲁兹交战一次，捷多或普鲁击坠普鲁兹
达成以上条件后，在第34话选择地上路线，普鲁会在合流后加入；若第34话选择宇宙路线，普鲁会在第35话捷多说得普鲁兹过关后加入。普鲁兹会在第45话结束时加入。
4.东方不败+宗师高达
获取步骤：
第14话凯，多蒙与东方不败交战一次，多蒙击坠东方不败第15话，东方不败击坠1架以上敌机非正规部队路线第30话，多蒙和明人与东方不败交战一次，多蒙击坠东方不败第42话后选择任意一条路线：第45话，东方不败击坠1架以上敌机第46话，东方不败和恶魔高达交战一次
达成以上条件后，东方不败会在第47话作为增援出场并加入，否则会在IF路线52话加入。IF路线开启条件见流程攻略，二周目起可直接选择进入。
